药学博士课程培养学生成为药学专业的领导者，并为他们提供在医院、医疗中心、社区药房、学术界、政府和制药行业中有效实践各种当前存在和潜在未来角色的工具。预计药物基因组学和生物信息学的新兴领域将对未来的药学实践产生深远影响。加州大学圣地亚哥分校斯卡格斯药学和药学科学学院的毕业生处于将这些进步带入患者护理环境的绝佳位置。
课程是动态的，经常修订。目前，四年制药学博士课程如下：
第一年包括解剖学、药物化学、药剂学、生物信息学、法律和伦理学、卫生政策、研究设计、生物统计学和药学实践介绍等课程。
第二年的重点是COAST（关爱、原创、倡导者分享和茁壮成长）课程，药学学生和一年级医学学生一起注册课程，包括医学基础、微生物学以及心血管、肺、胃肠、营养、肾脏、免疫学、血液学、内分泌学、生殖和代谢系统课程。第二年还包括药理学和生理学以及实验室医学的额外课程。

第三年在第二年提供的课程基础上，开设了人类疾病、药物基因组学和药物经济学课程。治疗学和高级专业实践系列课程开始了将以前课程中获得的知识和技能应用于患者临床管理的过程。
学生在药学课程的前三年参与社区药学、机构卫生系统药学、与健康相关的服务学习和模拟活动领域的入门药学实践经验（IPPE）。这些经验旨在作为教学课程和四年级高级药学实践经验（APPE）之间的桥梁。学生还完成了一个研究项目，并在整个四年中参与课外丰富活动。

第四年完全致力于临床实习，学生学习在各种临床环境中应用课程中获得的技能和知识。其中许多实习经历发生在加州大学圣地亚哥分校附属的医疗中心，如加州大学圣地亚哥分校医疗中心-希尔克雷斯特、加州大学圣地亚哥分校医疗中心-拉霍亚、拉霍亚退伍军人管理局医疗中心和拉迪儿童医院。此外，还利用了圣地亚哥和洛杉矶/奥兰治县地区的许多其他设施。加州大学圣地亚哥分校附近的生物技术公司和研究设施以及各种国家和国际地点的职员经历已经实施。
完成研究项目是所有学生的要求，也是毕业的先决条件。鼓励学生从第一年开始考虑潜在的项目。学生可以在任何学年完成他们的研究项目。对于制药博士/博士项目的学生，完成博士论文项目将满足这个毕业项目的要求。

课外计划
课外活动提供了加强学生实践和护理方法以及提高个人和专业发展技能的机会。课外活动强调质量胜于数量、协作成就、专业服务和管理以及个人责任。课外计划包括五个领域的经验： 1）领导力和创新/企业家精神，2）文化理解、社区拓展和服务，3）个人发展和健康，4）专业精神和职业发展，以及5）学生参与。这些领域映射到ACPE标准2016。
该计划的纵向形式确定了前三个专业年的活动，包括跨领域的必修和自选经验。单个学生课外计划的性质旨在反映学生的优势、成长领域、目标和兴趣。